Выбравшись из городских подземелий, четверо братьев-подростков черепашек-ниндзя, сталкиваются с коварными злодеями Нью-Йорка и пробуют вкусную пиццу. Юные Лео, Раф, Донни и Мики стремятся защитить город и стать настоящими ниндзя.
Черепашки путешествуют во времени, благодаря помощи ученика Мастера Времени Ренэ. Всем вместе им предстоит победить злого Владыку времени Саванти Ромеро.