Již téměř dvacet let žije Neo zdánlivě poklidný život v San Franciscu jako Thomas A. Anderson, úspěšný herní vývojář a tvůrce videoherní trilogie Matrix, která je založená na jeho snech a vizích. Události předchozích tří filmů se zdají být pouhou fikcí. Pravidelně se potkává s Tiffany, vdanou matkou dvou dětí, která byla předlohou pro Trinity. Neo se snaží oddělit skutečnost od svých snů, a proto mu jeho terapeut předepisuje modré pilule, kterých se jednoho dne zřekne. Zároveň potají nechává v provozu soukromou instanci své hry, konkrétně úvodní pasáž, kdy Trinity uprchla před agenty. Do této sekvence se připojí Bugs a objeví, že cosi nehraje. Jeden z agentů se chová zvláštně a vyjde najevo, že se jedná o program zosobňující Morphea.