Две истории о черепашках! Черепашки-ниндзя разделились, теперь они беглецы: за ними охотится БИШОП и её МЕХАЗОИДЫ... А потом им приходится спасать город от морских мутантов, известных как ИСТ-РИВЕР 3.
Донни ведёт с Бишоп битву разума, гоняя по подземке Нью-Йорка, чтобы остановить злых мехазоидов. Но как можно победить ИИ, который предсказывает твой каждый шаг?...