Выбравшись из городских подземелий, четверо братьев-подростков черепашек-ниндзя, сталкиваются с коварными злодеями Нью-Йорка и пробуют вкусную пиццу. Юные Лео, Раф, Донни и Мики стремятся защитить город и стать настоящими ниндзя.
Из-за своей несдержанности и вспыльчивого нрава Рафаэль попадает в беду, случайно повредив машину, которая заставляет его поменяться мозгом с крэнгом.