Выбравшись из городских подземелий, четверо братьев-подростков черепашек-ниндзя, сталкиваются с коварными злодеями Нью-Йорка и пробуют вкусную пиццу. Юные Лео, Раф, Донни и Мики стремятся защитить город и стать настоящими ниндзя.
Лео решает проникнуть в Логово Шреддера один, чтобы предотвратить угрозу величайшего нашествия мутантов.