Duboko u kanalizaciji poznatih njujorških kvartova vrebaju četiri neustrašive nindža kornjače - Leonardo, Rafaello, Donatello i Michelangelo. Premda tek u ranim tinejdžerskim godinama, ova se četiri brata svaki dan upuštaju u uzbudljive avanture po čitavoj metropoli. Koristeći svoje mistične nindža sposobnosti, uče surađivati i postaju pravi heroji u borbi protiv kriminala i zločinaca. Hrabra braća dobivaju potpuno novi izgled, oružje i nove moći dok otkrivaju skriveni podzemni svijet New Yorka, no uvijek uspiju pronaći vremena za uživanje u kriški omiljene pizze. Zajedno sa svojim prijateljem Aprilom O'Neilom nindže će upoznati zlog alkemičara Baruna Draxuma i opasni Foot Clan, ali i doznati da je njihov učitelj Splinter nekoć bio veliki stručnjak za borilačke vještine i filmska zvijezda po imenu Lou Jitsu. Njihova misija je jasna - prikupiti dijelove drevnog tamnog oklopa kako bi spriječili zlog Draxuma i njegov klan da ožive Shreddera, opasnog demona kojeg su Splinterovi preci nekoć davno protjerali.